Ngày 17 tháng 4 năm 1975, quân Khmer Đỏ tiến vào Phnôm Pênh dẫn đến cuộc nội chiến Campuchia chính thức kết thúc. Thủ tướng Long Boret, Bộ trưởng Nội vụ Lon Nol và các quan chức hàng đầu của Chính phủ Cộng hòa Khmer đều bị xử tử tại Trung tâm thể dục thể thao Cercle Sportif, trong khi lực lượng quân đội trong thành phố đều bị giải giáp và đưa đến sân vận động Olympic sát hại toàn bộ.[31]

Số phận tương tự cũng xảy ra với các đơn vị Cộng hòa Khmer còn lại, nhất là đối với những đơn vị đồn trú cố thủ tại các tỉnh lị và một số thị trấn quan trọng. Trong cả nước, hàng ngàn người Campuchia, cả đàn ông lẫn đàn bà, nếu không may bị bắt trong khi đang mặc quân phục Quân đội Quốc gia Khmer, bất kể là sĩ quan hay hạ sĩ quan, thậm chí đến cả binh sĩ thông thường; không cần biết, bất kể họ có phải là tội phạm chiến tranh hay không, đều bị các du kích Khmer Đỏ tập trung và tàn sát hết. Nhiều sĩ quan và binh sĩ đã thoát được trong gang tấc bằng cách nhanh chóng thay đổi quần áo dân sự và trốn chui trốn nhủi. Ngoài số các binh sĩ Cộng hòa Khmer bị hành hình và xác của họ bị vứt bỏ vào những ngôi mộ nông đào trong rừng, số còn lại bị gửi tới cải tạo trong các trại lao động mới (được biết đến với tên gọi Cánh Đồng Chết) được Khmer Đỏ lập sẵn ngay sau khi vừa giành chiến thắng, nơi họ bị buộc phải chịu đựng cuộc sống trong trại và điều kiện làm việc khủng khiếp cho đến khi nổ ra cuộc chiến tranh biên giới Tây Nam khi Việt Nam tiến vào Campuchia lật đổ chế độ Pol Pot vào năm 1978. Chỉ một số ít đào thoát bằng cách đi bộ hoặc dùng xe vượt qua biên giới vào Thái Lan tị nạn, chính tại nơi đây vào cuối thập niên 1970, họ là nguồn hỗ trợ chính yếu các cán bộ sáng lập tổ chức Quân đội Quốc gia Sihanouk (ANS) và các lực lượng du kích KPNLF chống Việt Nam.